El Gran Maestre es el comandante supremo de la Orden. Es elegido en el Capítulo General por mayoría absoluta. Debe ser miembro de la Orden, católico en plena comunión con la Iglesia Católica y heredero de una familia noble. Permanece en el cargo hasta el día de Pentecostés del año en que cumpla 75 años. Luego pasa a ser Gran Maestre Emérito.

El Gran Maestre es el representante legal de la Orden Militar y Hospitalaria de San Lázaro de Jerusalén y vela por las tres vocaciones de la Orden: espiritualidad, caridad y tradición. Trabaja por el desarrollo y la prosperidad de la Orden. En esta labor es asistido por los miembros del Gran Magisterio.

Durante su ceremonia de instalación, el Gran Maestre hace el siguiente voto:

«Prometo solemnemente ante Dios Todopoderoso honrar, respetar y observar en todo momento los santos mandamientos y asegurar que se mantengan, honren y observen en la medida de mis posibilidades; administrar y gestionar leal y fielmente la Orden Militar y Hospitalaria de San Lázaro de Jerusalén como corresponde al cargo y dignidad de Gran Maestre; respetar la Carta Constitucional, el reglamento interno, los Estatutos y costumbres de la Orden y velar porque todos los miembros los respeten; con la ayuda de Dios.»

Para implementar las tres vocaciones de la Orden -espiritualidad, caridad y tradición-, el Gran Maestre utiliza el poder conferido por el Capítulo General y confirmado por los Protectores. Puede delegar esta autoridad nombrando Grandes Oficiales, miembros del Gran Magisterio y Jefes de Jurisdicción en los países donde la Orden opera.

Solo el propio Gran Maestre tiene la autoridad para admitir o promover a un Caballero, una Dama o un sacerdote en la Orden. Nadie puede ser admitido en la Orden si el Gran Maestre se opone.